Lakselus er en parasitt som finnes naturlig i sjøen, men det har blitt unaturlig høye konsentrasjoner i mange av våre fjord- og kystområder på grunn av oppdrett av laks og regnbueørret. Situasjonen er så alvorlig en del steder at det er fare for at lakselus kan sterkt redusere og i verste fall utrydde bestander av vill laksefisk.
Fysiske inngrep i vassdrag spenner fra store vannkraftutbygginger til mindre inngrep, som å ta ut masse eller fjerne kantvegetasjon. Noen fysiske inngrep lar seg enkelt reparere, andre krever planlegging og gjennomføring av fagpersoner med spesialkompetanse. Uansett formål vil fysiske inngrep alltid påvirke livet i vassdraget.
Anadrom laksefisk stiller strenge krav til vannkvaliteten og er følsom overfor forurensinger. Både i vassdrag og sjø kan forurensende utslipp være skadelig for anadrom laksefisk, men fisken tar mest skade hvis den påvirkes i vassdragene.
Reduserte bestander og stort smittepress fra lakselus har gjort at vitenskapsrådet anbefaler at det ikke lengre bør fiskes etter sjøørret fra bestander i ytre fjordstrøk og langs kysten fra Ryfylke i Rogaland til Vikna i Nord-Trøndelag.
En hel uke med laksefiske for ungdom på Hembre gård i Stjørdalselva ble avsluttet med filmkurs for lakseambassadørene og Villaksens dag langs elvebredden.
Fram mot 2020 skal vannkraftskonsesjonene i 31 av medlemselvene i Norske Lakseelver revideres . Nå fremmes krav om at vilkårsrevisjonene må sikre miljøforbedringer i disse vassdragene.
I 1997 satte regjeringen ned et utvalg som etterhvert ble hetende Villaksutvalget. Utvalget skulle lete etter årsaker til nedgangen i de norske villaksbestandene, og fremme forslag til strategier og tiltak for å bedre situasjonen. To år senere kom utvalgets rapport, hvor det ble slått fast at historiske erfaringer viser at «villaksen har tapt mot andre samfunnsinteresser, gang etter gang».
Norske Lakseelver jobber aktivt for at politikerne stiller så strenge miljøkrav til oppdrettsindustrien at lukket teknologi blir det naturlige valget. Rømt fisk og lus må stanses. Lukkede oppdrettsanlegg ville fjernet problemet med lakselus og annen smitte mellom villfisk og oppdrettsfisk .
I mai 2003 bestemte Stortinget å opprette et særskilt vern for 37 viktige norske lakseelver, med tilhørende beskyttelse av de 21 fjordene de renner ut i. I 2007 ble 15 nye vassdrag og 8 nye fjorder inkludert i ordningen.