Fisketelleren i Boenfossen gir verdifull informasjon for forvaltningen av elva. På det meste vandret det 130 laks gjennom fisketrappa på en enkelt dag i 2016 - det var den
Politiet og Statens naturoppsyn utfører kontroller og har oppsynsfunksjon i Trondheimsfjorden. Fredning av fiskearter som sjøørret og laks har fokus sammen med ulovlig garnfiske. Spesielt rettes fokus nå mot sjøørreten som er fredet både i elva og i fjordens fredningssone.
Norske Lakseelvers landsmøte, som ble avholdt 23/5 2016, krever at beskyttelsesregimet som ligger i nasjonale laksevassdrag og nasjonale laksefjorder må håndheves slik det foreligger i dag og ytterligere forsterkes når regimet skal evalueres i 2017.
Alta kommunes formannskap har bedt administrasjonen om vurdering av muligheten for å justere grensen for nasjonal laksefjord for å gjøre det mulig å plassere et lakseslakteri på Langnes. Nasjonale laksefjorder er vedtatt av Stortinget og kan ikke endres av kommunen.
Forsuring av vann og vassdrag er et av de alvorligste miljøproblemer i Norge og den enkeltfaktoren som har ført til størst reduksjon av biologisk mangfold i norske vann og elver. Hovedårsaken til forsuringen er langtransportert sur nedbør (svovel og nitrogen).
* Lus og rømminger fra oppdrett truer villaksen
* Løsningene ligger i lukka oppdrettsanlegg
* Villaks og oppdrettslaks kan leve sammen
Trondheim havns plan om regionhavn på Orkanger er i konflikt med beskyttelsesregimet for nasjonale laksevassdrag og laksefjorder. Orkla Fellesforvaltning, Elvene rundt Trondheimsfjorden (ErT) og Norske Lakseelver (NL) krever en miljømessige bedre løsning.
I Naustdal fortviler grunneierne over vedtaket om å tillate gruvedrift i Engabøfjellet med dumping av avfallet i fjorden. Føre-var-prinsippet er fraværende, mener leder Eiliv Erdal i Nausta Elveeierlag.