Ulovlig fiske bekymrer i forhold til at tallet på gytefisk i elva blir redusert og kan også føre til at det lovlige fisket må reguleres strengere for å nå forvaltningsmålet for elva. Styret oppfordrer grunneiere og andre å rapportere mistanke om ulovlig fiske i Skauga.

Kongsfjordelva og laksen har i en årrekke vært sentrum for en rekke undersøkelser og overvåking. Bestandsutviklingen overvåkes fra oppgang til gyting.

Politiet og Statens naturoppsyn utfører kontroller og har oppsynsfunksjon i Trondheimsfjorden. Fredning av fiskearter som sjøørret og laks har fokus sammen med ulovlig garnfiske. Spesielt rettes fokus nå mot sjøørreten som er fredet både i elva og i fjordens fredningssone.

Norske Lakseelver og de 12 organisasjonene i Villaksalliansen stiller felles krav om villakshensyn i revisjonsprosessen til Olje- og energidepartementet. Stikkord: ja til minstevannføring, omløpsventiler, tapping av overflatevann fra magasiner og nye krav til varegrinder/sideløp foran vanninntak til turbinene, og nei til effektkjøring og raske vannstandsfall som fører til stranding og død av lakseunger.

Norske Lakseelver jobber aktivt for at politikerne stiller så strenge miljøkrav til oppdrettsindustrien at lukket teknologi blir det naturlige valget. Rømt fisk og lus må stanses. Lukkede oppdrettsanlegg ville fjernet problemet med lakselus og annen smitte mellom villfisk og oppdrettsfisk .

Lav sjøoverlevelse for laksefisk krever at oppdrettsindustrien tar et langt større ansvar for sine negative miljøeffekter. I første rekke forårsaket av lakselus og rømt oppdrettsfisk, som sammen og hver for seg kan true både mulighetene til høsting, og i verste fall enkeltbestanders eksistens.