Anadrom laksefisk stiller strenge krav til vannkvaliteten og er følsom overfor forurensinger. Både i vassdrag og sjø kan forurensende utslipp være skadelig for anadrom laksefisk, men fisken tar mest skade hvis den påvirkes i vassdragene.
Forsuring av vann er et av de største miljøproblemene i Norge, og en faktor som har ført til stor reduksjon i biologisk mangfold i innsjøer og elver.
Lakseparasitten Gyrodactylus salaris er regnet for å være blant de største truslene mot ville laksestammer i Norge. Parasittene er en knapt synlig snylter som lever på huden hos lakseunger.
Den 10. januar var frist for høringssvar til regjeringens notat om vekst i norsk lakse- og ørretoppdrett. Norske Lakseelver krever flere miljøindikatorer og handlingsregler som ansvarliggjør den enkelte oppdretter.
Norske Lakseelver har bedt myndighetene gi Standard Norge i oppgave å sammenkalle kvalifiserte ressurspersoner for å vurdere eksisterende krav til miljøundersøkelser i NS9415 på nytt.
Økningen i bruken av legemidler for å bekjempe lakselus i oppdrettsnæringen er alvorlig.