Substrat som ikke er naturtypisk for en elvestrekning kan føre til vesentlige endringer i biologisk mangfold og produksjon. Skyldes ofte utslipp av finsediment, f.eks. fra sandtak og anleggsvirksomhet m.m.
Utlegg av døde trær gir økt skjul for fisk og øker strøm-, substrat- og habitatdiversiteten ved å påvirke strømforhold og lokal sedimentdynamikk. Samtidig kan trærne, greiner og løv benyttes som habitat, skjul eller føde for bunndyr og slik også øke næringstilgangen for fisk.
For et par uker siden kom Naturpanelets første hovedrapport. En av konklusjonene er at opptil én million arter i verden kan bli truet av utryddelse. Vi har kunnskapen, men kortsiktige profittbehov trumfer langsiktig forvaltning.
Kulverter, stikkrenner og bruer kan i enkelte tilfeller skape vandringshinder for fisk.
En rekke viktige fiskehabitater ligger ikke i elvens hovedseng, men langs bredden og i elvesletten. En forbindelse mellom hovedløp-sideløp- elveslette er nødvendig for at fisken skal få tilgang til habitatene.
Et åpent vassdrag kan igjen bli habitat og vandringsvei for fisk. Dette vil som regel medføre en betydelig bedring av økologisk tilstand og minske flomfare.
Kantvegetasjon langs bekker og elver gir skjul og er kilde til organisk materiale, og er med dette en viktig del av næringskjeden.
Forsuring av vann er et av de største miljøproblemene i Norge, og en faktor som har ført til stor reduksjon i biologisk mangfold i innsjøer og elver.