Kulverter, stikkrenner og bruer kan i enkelte tilfeller skape vandringshinder for fisk.
En rekke viktige fiskehabitater ligger ikke i elvens hovedseng, men langs bredden og i elvesletten. En forbindelse mellom hovedløp-sideløp- elveslette er nødvendig for at fisken skal få tilgang til habitatene.
Et åpent vassdrag kan igjen bli habitat og vandringsvei for fisk. Dette vil som regel medføre en betydelig bedring av økologisk tilstand og minske flomfare.
Nylig hadde styret i BJFF og NINA møte om veien fremover for det omfattende smoltprosjektet i Kongsfjordelva.
Kantvegetasjon langs bekker og elver gir skjul og er kilde til organisk materiale, og er med dette en viktig del av næringskjeden.
Nå skal Kongsfjordlaksens liv kartlegges med avansert amerikansk utstyr. NINA (Norsk institutt for naturforskning) satser millionbeløp på å kartlegge Kongsfjordslaksens overlevelse i sjøen.
Her er en kort oversikt over sjørøyebestanden i Storelva og Kongsfjordelva. Bestanden er svak i begge elvene, og kun i Storelva er det mulig å se et glitrende håp om at bestanden etterhvert vil nå gamle høyder.
I høst ble det igangsatt et spennende prosjekt med flytting av yngel i Kongsfjordelva for å øke produksjonen av laks.
Kongsfjordelva ble valgt for vurdering til et stort og kommende prosjekt om sjøoverlevelse hos laksen.