Kulverter, stikkrenner og bruer kan i enkelte tilfeller skape vandringshinder for fisk.
Hvert år samler NINA (Norsk Institutt for Naturforskning) inn og analyserer et stort antall skjellprøver fra sportsfisket. Skjellanalysene er en viktig kilde til kunnskap om de norske laks- og sjøørretbestandene.
En rekke viktige fiskehabitater ligger ikke i elvens hovedseng, men langs bredden og i elvesletten. En forbindelse mellom hovedløp-sideløp- elveslette er nødvendig for at fisken skal få tilgang til habitatene.
Et åpent vassdrag kan igjen bli habitat og vandringsvei for fisk. Dette vil som regel medføre en betydelig bedring av økologisk tilstand og minske flomfare.
Det har blitt gjennomført justeringer og endringer av gjeldende fiskeregler for fiske i Altaelva. Den største endringen gjelder avsnittet om «medfisker».
Fiskereglene gjelder fra og med 1. Juni 2018.