Stjørdalsvassdragets Elveeierlag (SVEL) er nå organisert etter Miljødirektoratets krav om pliktig organisering og har det formelle ansvaret for lokal forvaltning. Det er 145 fiskerettshavere som har fått beregnet sine andeler i SVEL. Disse andelene beskriver hver enkelt sine rettigheter og forpliktelser i SVEL. Forvaltningsavgiften som blir innkrevd hvert år går til forskjellige tiltak for å bedre situasjonen for laks og sjøørret i vassdraget.
Fisketelleren i Boenfossen gir verdifull informasjon for forvaltningen av elva. På det meste vandret det 130 laks gjennom fisketrappa på en enkelt dag i 2016 - det var den
Politiet og Statens naturoppsyn utfører kontroller og har oppsynsfunksjon i Trondheimsfjorden. Fredning av fiskearter som sjøørret og laks har fokus sammen med ulovlig garnfiske. Spesielt rettes fokus nå mot sjøørreten som er fredet både i elva og i fjordens fredningssone.
Rømt oppdrettslaks påvirker ville bestander av laks. En del av den rømte laksen vandrer opp i vassdragene og gyter med villaksen. Når rømt oppdrettslaks gyter med villaks, vil den ville laksebestanden kunne endres genetisk, noe som kan føre til lavere produksjon av laks i vassdraget.
Lakselus er en parasitt som finnes naturlig i sjøen, men det har blitt unaturlig høye konsentrasjoner i mange av våre fjord- og kystområder på grunn av oppdrett av laks og regnbueørret. Situasjonen er så alvorlig en del steder at det er fare for at lakselus kan sterkt redusere og i verste fall utrydde bestander av vill laksefisk.