Substrat som ikke er naturtypisk for en elvestrekning kan føre til vesentlige endringer i biologisk mangfold og produksjon. Skyldes ofte utslipp av finsediment, f.eks. fra sandtak og anleggsvirksomhet m.m.
Utlegg av døde trær gir økt skjul for fisk og øker strøm-, substrat- og habitatdiversiteten ved å påvirke strømforhold og lokal sedimentdynamikk. Samtidig kan trærne, greiner og løv benyttes som habitat, skjul eller føde for bunndyr og slik også øke næringstilgangen for fisk.
Istedenfor å ta inn over seg kunnskapen som forskerne er enige om, bruker Sjømat Norge energi på å så tvil om at lakselusa er et problem.
Kulverter, stikkrenner og bruer kan i enkelte tilfeller skape vandringshinder for fisk.
En rekke viktige fiskehabitater ligger ikke i elvens hovedseng, men langs bredden og i elvesletten. En forbindelse mellom hovedløp-sideløp- elveslette er nødvendig for at fisken skal få tilgang til habitatene.
Kantvegetasjon langs bekker og elver gir skjul og er kilde til organisk materiale, og er med dette en viktig del av næringskjeden.
I forbindelse med Statkrafts søknad om å bygge et ekstra aggregat i Trollheim kraftverk i Surna, mener Norske Lakseelver at NVE må stile krav om helhetlig tenking og offensiv miljøtilnærming.
I rapporten er 104 norske laksebestander vurdert etter kvalitetsnormen. Av disse hadde 23 bestander (22 %) god eller svært god kvalitet, 29 bestander (28 %) moderat kvalitet og halvparten dårlig eller svært dårlig kvalitet. Det vil si at 81 bestander (78 %) ikke nådde kvalitetsnormens mål om minst god kvalitet. Laksebestandene i Rogaland og Nord-Trøndelag hadde best kvalitet, mens de i Hordaland, Sør-Trøndelag og Troms hadde dårligst kvalitet.