Målselvvassdraget har sitt nedbørfelt i Indre Troms, og går fra grensa mot Sverige og vestover derfra. I nord grenser det mot Storfjord og Balsfjord kommuner. I sør mot Bardu kommune, men store deler av nedbørsfeltet i Bardu drenerer inn i Barduelva som renner inn i Målselv i området ved Bardufossen, som forøvrig er regulert. I vassdraget er også Devvdis-vatnet regulert. Dette ligger i Dividalen og vatnet herfra renner ut i Divielva.