En rekke viktige fiskehabitater ligger ikke i elvens hovedseng, men langs bredden og i elvesletten. En forbindelse mellom hovedløp-sideløp- elveslette er nødvendig for at fisken skal få tilgang til habitatene.
Et åpent vassdrag kan igjen bli habitat og vandringsvei for fisk. Dette vil som regel medføre en betydelig bedring av økologisk tilstand og minske flomfare.
Det har blitt gjennomført justeringer og endringer av gjeldende fiskeregler for fiske i Altaelva. Den største endringen gjelder avsnittet om «medfisker».
Fiskereglene gjelder fra og med 1. Juni 2018.
Kantvegetasjon langs bekker og elver gir skjul og er kilde til organisk materiale, og er med dette en viktig del av næringskjeden.
Her er en kort oversikt over sjørøyebestanden i Storelva og Kongsfjordelva. Bestanden er svak i begge elvene, og kun i Storelva er det mulig å se et glitrende håp om at bestanden etterhvert vil nå gamle høyder.
I høst ble det igangsatt et spennende prosjekt med flytting av yngel i Kongsfjordelva for å øke produksjonen av laks.
Samfunnet har brukt store ressurser på å redde elver fra Gyrodactylus salaris og sur nedbør. Det legger noen føringer på forvaltningen av fisket i elven.