Et åpent vassdrag kan igjen bli habitat og vandringsvei for fisk. Dette vil som regel medføre en betydelig bedring av økologisk tilstand og minske flomfare.
Nylig hadde styret i BJFF og NINA møte om veien fremover for det omfattende smoltprosjektet i Kongsfjordelva.
Kantvegetasjon langs bekker og elver gir skjul og er kilde til organisk materiale, og er med dette en viktig del av næringskjeden.
Nå skal Kongsfjordlaksens liv kartlegges med avansert amerikansk utstyr. NINA (Norsk institutt for naturforskning) satser millionbeløp på å kartlegge Kongsfjordslaksens overlevelse i sjøen.
Gjennom årene har det blitt gjennomført systematisert overvåkningsfiske i Altaelva. Dette er en del av arbeidet for å skaffe informasjon om innslag av rømt oppdrettslaks i elva.
Den lokale forvaltningen har som oppgave å forvalte eleven etter beskatningsråd som er gitt av Vitenskapelig Råd for Lakseforvaltning. Forvaltningsrådet for den enkelte elv finnes på elvas nettside.