NTE har i siden 1993 finansiert klekkeriet i Meråker som ett viktig tiltak for å kompensere for kraftutbyggingen. Nå står klekkeriet i fare for å bli lagt ned samtidig som NTE ikke vil ta på seg ansvaret for andre kompenserende tiltak for de skadene kraftutbyggingen har påført vassdraget.
Tilstanden til den ettertraktede sportsfisken sjøørret, viser at Norge etter drøye ti års arbeid er langt fra målene i vannforskriften om «god økologisk tilstand» i alle vannforekomster. Oppsatte vegsperringer for sjøørretens frie vandring er en av hovedårsakene.
2017. En middels bra sesong, god gytebestand, men smålaksen sviktet.
Analysene av skjellprøvene fra Kongsfjordelva og Storelva viser kun 1 oppdrettslaks.
Rømt oppdrettslaks påvirker ville bestander av laks. En del av den rømte laksen vandrer opp i vassdragene og gyter med villaksen. Når rømt oppdrettslaks gyter med villaks, vil den ville laksebestanden kunne endres genetisk, noe som kan føre til lavere produksjon av laks i vassdraget.
Lakselus er en parasitt som finnes naturlig i sjøen, men det har blitt unaturlig høye konsentrasjoner i mange av våre fjord- og kystområder på grunn av oppdrett av laks og regnbueørret. Situasjonen er så alvorlig en del steder at det er fare for at lakselus kan sterkt redusere og i verste fall utrydde bestander av vill laksefisk.
Fysiske inngrep i vassdrag spenner fra store vannkraftutbygginger til mindre inngrep, som å ta ut masse eller fjerne kantvegetasjon. Noen fysiske inngrep lar seg enkelt reparere, andre krever planlegging og gjennomføring av fagpersoner med spesialkompetanse. Uansett formål vil fysiske inngrep alltid påvirke livet i vassdraget.