Politiet og Statens naturoppsyn utfører kontroller og har oppsynsfunksjon i Trondheimsfjorden. Fredning av fiskearter som sjøørret og laks har fokus sammen med ulovlig garnfiske. Spesielt rettes fokus nå mot sjøørreten som er fredet både i elva og i fjordens fredningssone.
Forsuring av vann og vassdrag er et av de alvorligste miljøproblemer i Norge og den enkeltfaktoren som har ført til størst reduksjon av biologisk mangfold i norske vann og elver. Hovedårsaken til forsuringen er langtransportert sur nedbør (svovel og nitrogen).
I mange år foregikk det et omfattende rovfiske med garn i Storelva som forpaktes av BJFF. Foreningen har dokumentasjon, og Politiet og domstolen har saken.
I 1997 satte regjeringen ned et utvalg som etterhvert ble hetende Villaksutvalget. Utvalget skulle lete etter årsaker til nedgangen i de norske villaksbestandene, og fremme forslag til strategier og tiltak for å bedre situasjonen. To år senere kom utvalgets rapport, hvor det ble slått fast at historiske erfaringer viser at «villaksen har tapt mot andre samfunnsinteresser, gang etter gang».
Syltalaks er på vei å bli en klassiker for Kongsfjordelva og de fiske- og matglade. Her er oppskriften servert i sesongens siste fiskeuke.
Det foregår et betydelig rovfiske på gyteplassene i Storelva ved Berlevåg.
Fangst av laks i Kongsfjordelva fra 2005 til 2012 har variert. Her er den komplette statistikken.