Rømt oppdrettslaks påvirker ville bestander av laks. En del av den rømte laksen vandrer opp i vassdragene og gyter med villaksen. Når rømt oppdrettslaks gyter med villaks, vil den ville laksebestanden kunne endres genetisk, noe som kan føre til lavere produksjon av laks i vassdraget.
Lakselus er en parasitt som finnes naturlig i sjøen, men det har blitt unaturlig høye konsentrasjoner i mange av våre fjord- og kystområder på grunn av oppdrett av laks og regnbueørret. Situasjonen er så alvorlig en del steder at det er fare for at lakselus kan sterkt redusere og i verste fall utrydde bestander av vill laksefisk.
Fysiske inngrep i vassdrag spenner fra store vannkraftutbygginger til mindre inngrep, som å ta ut masse eller fjerne kantvegetasjon. Noen fysiske inngrep lar seg enkelt reparere, andre krever planlegging og gjennomføring av fagpersoner med spesialkompetanse. Uansett formål vil fysiske inngrep alltid påvirke livet i vassdraget.
Anadrom laksefisk stiller strenge krav til vannkvaliteten og er følsom overfor forurensinger. Både i vassdrag og sjø kan forurensende utslipp være skadelig for anadrom laksefisk, men fisken tar mest skade hvis den påvirkes i vassdragene.
I 1997 satte regjeringen ned et utvalg som etterhvert ble hetende Villaksutvalget. Utvalget skulle lete etter årsaker til nedgangen i de norske villaksbestandene, og fremme forslag til strategier og tiltak for å bedre situasjonen. To år senere kom utvalgets rapport, hvor det ble slått fast at historiske erfaringer viser at «villaksen har tapt mot andre samfunnsinteresser, gang etter gang».
I mai 2003 bestemte Stortinget å opprette et særskilt vern for 37 viktige norske lakseelver, med tilhørende beskyttelse av de 21 fjordene de renner ut i. I 2007 ble 15 nye vassdrag og 8 nye fjorder inkludert i ordningen.