Utlegg av døde trær gir økt skjul for fisk og øker strøm-, substrat- og habitatdiversiteten ved å påvirke strømforhold og lokal sedimentdynamikk. Samtidig kan trærne, greiner og løv benyttes som habitat, skjul eller føde for bunndyr og slik også øke næringstilgangen for fisk.
Utlegg av gytegrus er et vanlig tiltak i mange elver. Ny forskning viser at egnede gyteområder bør ha ca 20% grus. Over dette flater effekten ut, og blir andelen over 40% synker produksjonverdien av området.
NIVA har gått gjennom 16 av de 22 kalkede laksevassdragene i Norge og identifisert nye optimaliseringstiltak som vil styrke bestander av både laks og sjøørret.
Kulverter, stikkrenner og bruer kan i enkelte tilfeller skape vandringshinder for fisk.
En rekke viktige fiskehabitater ligger ikke i elvens hovedseng, men langs bredden og i elvesletten. En forbindelse mellom hovedløp-sideløp- elveslette er nødvendig for at fisken skal få tilgang til habitatene.
Et åpent vassdrag kan igjen bli habitat og vandringsvei for fisk. Dette vil som regel medføre en betydelig bedring av økologisk tilstand og minske flomfare.
Kantvegetasjon langs bekker og elver gir skjul og er kilde til organisk materiale, og er med dette en viktig del av næringskjeden.