Den lokale forvaltningen har som oppgave å forvalte eleven etter beskatningsråd som er gitt av Vitenskapelig Råd for Lakseforvaltning. Forvaltningsrådet for den enkelte elv finnes på elvas nettside.
Fisket etter laks skal tilpasses hver enkelt bestand. Gytebestandsmålet forteller oss når det er nok gytelaks i elva, og når vi kan fiske av et høstbart overskudd. Første generasjon gytebestandsmål er utarbeidet for 439 norske laksevassdrag.
Politiet og Statens naturoppsyn utfører kontroller og har oppsynsfunksjon i Trondheimsfjorden. Fredning av fiskearter som sjøørret og laks har fokus sammen med ulovlig garnfiske. Spesielt rettes fokus nå mot sjøørreten som er fredet både i elva og i fjordens fredningssone.
I 2016 vil vi gå i gang med et større kartleggingsarbeid av sjøørretbestanden i Lakselva.
Forsuring av vann og vassdrag er et av de alvorligste miljøproblemer i Norge og den enkeltfaktoren som har ført til størst reduksjon av biologisk mangfold i norske vann og elver. Hovedårsaken til forsuringen er langtransportert sur nedbør (svovel og nitrogen).