I den lakseførende delen av vassdraget oppstrøms Skotfoss finnes det i dag 12 registrerte fiskearter.
Her er en kort oversikt over sjørøyebestanden i Storelva og Kongsfjordelva. Bestanden er svak i begge elvene, og kun i Storelva er det mulig å se et glitrende håp om at bestanden etterhvert vil nå gamle høyder.
I høst ble det igangsatt et spennende prosjekt med flytting av yngel i Kongsfjordelva for å øke produksjonen av laks.
Norske Lakseelvers landsmøte, som ble avholdt 23/5 2016, krever at beskyttelsesregimet som ligger i nasjonale laksevassdrag og nasjonale laksefjorder må håndheves slik det foreligger i dag og ytterligere forsterkes når regimet skal evalueres i 2017.
Alta kommunes formannskap har bedt administrasjonen om vurdering av muligheten for å justere grensen for nasjonal laksefjord for å gjøre det mulig å plassere et lakseslakteri på Langnes. Nasjonale laksefjorder er vedtatt av Stortinget og kan ikke endres av kommunen.
Trondheim havns plan om regionhavn på Orkanger er i konflikt med beskyttelsesregimet for nasjonale laksevassdrag og laksefjorder. Orkla Fellesforvaltning, Elvene rundt Trondheimsfjorden (ErT) og Norske Lakseelver (NL) krever en miljømessige bedre løsning.
Norske Lakseelver er bekymret for hvordan gruveutslippene vil påvirke villaksen i de nasjonale laksefjordene, og vi er også bekymret for hva en eventuell godkjenning av prosjektene vil gjøre med beskyttelsesordningens framtidige status og autoritet.