NTE har i siden 1993 finansiert klekkeriet i Meråker som ett viktig tiltak for å kompensere for kraftutbyggingen. Nå står klekkeriet i fare for å bli lagt ned samtidig som NTE ikke vil ta på seg ansvaret for andre kompenserende tiltak for de skadene kraftutbyggingen har påført vassdraget.
Veterinærinstituttet har satt ut befruktet rogn i Homla. Rogna kommer fra stamfisk som ble tatt opp fra Homla høsten 2020.
I forbindelse med at Nordic Mining er pålagt overvåking av smoltutvandringen, har Skandinavisk Naturforvaltning satt opp videoovervåking.
NTNU Vitenskapsmuseet fikk i 2020 i oppdrag av Nye Veier å kartlegge hvordan villaks og sjøørret bruker området ved Hellstranda hvor det er planlagt utbygging av ny E6.
I 2017 ble vi overrasket over tusenvis av pukkellaks i elvene. Pukkellaksen er en fremmed fisk, som kommer fra Stillehavet. Forsker Eva Thorstad fra Nina, gir her en oversikt over hva vi vet.
All laks som tas i Stjørdalsvassdraget skal det tas skjellprøver av. Veterinærinstituttet bruker disse for å se om det er vill- eller oppdrettslaks. Fra skjellene kan man også bruke for å finne alder på laksen, om laksen har gytet før og hvor fort laksen har vokst.
Politiet og Statens naturoppsyn utfører kontroller og har oppsynsfunksjon i Trondheimsfjorden. Fredning av fiskearter som sjøørret og laks har fokus sammen med ulovlig garnfiske. Spesielt rettes fokus nå mot sjøørreten som er fredet både i elva og i fjordens fredningssone.