En rekke viktige fiskehabitater ligger ikke i elvens hovedseng, men langs bredden og i elvesletten. En forbindelse mellom hovedløp-sideløp- elveslette er nødvendig for at fisken skal få tilgang til habitatene.
Kantvegetasjon langs bekker og elver gir skjul og er kilde til organisk materiale, og er med dette en viktig del av næringskjeden.
Politiet og Statens naturoppsyn utfører kontroller og har oppsynsfunksjon i Trondheimsfjorden. Fredning av fiskearter som sjøørret og laks har fokus sammen med ulovlig garnfiske. Spesielt rettes fokus nå mot sjøørreten som er fredet både i elva og i fjordens fredningssone.
Alta-laksen som har vært flere år i sjøen (storlaks) kommer inn til kysten av Troms og Vest-Finnmark fra vest og nordvest. Det får betydning for beskatningen.
I mange år foregikk det et omfattende rovfiske med garn i Storelva som forpaktes av BJFF. Foreningen har dokumentasjon, og Politiet og domstolen har saken.
Det foregår et betydelig rovfiske på gyteplassene i Storelva ved Berlevåg.