Det er få egnede gytelokaliteter i hovedstrengen fra Skotfoss til Frier. Det samme gjelder Falkumelva. Bliva med sidebekker er det desidert viktigste gyteområdet for laks i hele vassdraget. Sidebekker til Lilleelva har også egnede gyteplasser, men her er det stort sett sjøørret og brunørret. Skien kommune har planer om å undersøke hvorvidt laks og sjøørret gyter i Skienselva nedstrøms Langbryggene.

Laks og sjøørret har bestemte habitatkrav til gyteområdet. Vannhastighet, vanndybde, substrat og skjul er viktige elementer for å oppfylle fiskens krav. Generelt kan vi si at laksen foretrekker dypere og raskere vann enn ørreten. Gytesubstratet er ofte 2-5 cm store steiner. Men stor laks har ingen problemer med å lage gytegrop i grovere substrat.

Det er gjort få undersøkelser for å kartlegge gytelokaliteter i vassdraget. I november 1996 undersøkte Jan Heggenes og Jon Gunnar Dokk Farelva mellom Skotfoss og Elstrømbrua. Hoveddelen av de undersøkte arealene var lite egnet som gyteområder (Heggenes 1997). I partiet fra Skotfoss til Grøtsund skyldes dette i hovedsak mangel på egnet substrat. Her var det dominans av bart fjell og grov blokk. Lenger nedstrøms kommer partier med mer egnet stein- og grussubstrat inn, men her er det også dominans av lave vannhastigheter og dermed sedimentering. Gytegroper ble observert i to klart avgrensede partier. På nordsida av elva langs land nedstrøms Grøtsund er det et parti. Det klart beste gytearealet var begrenset til et lite parti tvers over elva oppstrøms Vadrette. En grusrygg sørger for et svært gunstig gytesubstrat. Konklusjonen i rapporten er at antall gytefisk i Farelva på undersøkte strekning ser ut til å være lite, og arealer med gunstige gyteforhold for laks er meget begrenset. Det er svært viktig å verne disse arealene som har en nøkkelfunksjon (Heggenes 1997).