Det overordna ansvaret for villaksforvaltninga er lagt til Klima- og miljødepartementet. Departementet skal sørgje for at regjeringa sin politikk blir sett ut i livet. Dei viktigaste verktøya for å oppnå dette er budsjett, lovverk og langtidsplanlegging.

Miljødirektoratet er det sentrale, utøvende og rådgivende organet i forvaltningen av laks, sjøørret og sjørøye (anadrom laksefisk). Målet er å bevare og gjenoppbygge bestandene, slik at mangfoldet innen artene sikres og manutnytte overskuddet.

Lakselus er en parasitt som finnes naturlig i sjøen, men det har blitt unaturlig høye konsentrasjoner i mange av våre fjord- og kystområder på grunn av oppdrett av laks og regnbueørret. Situasjonen er så alvorlig en del steder at det er fare for at lakselus kan sterkt redusere og i verste fall utrydde bestander av vill laksefisk.

Reduserte bestander og stort smittepress fra lakselus har gjort at vitenskapsrådet anbefaler at det ikke lengre bør fiskes etter sjøørret fra bestander i ytre fjordstrøk og langs kysten fra Ryfylke i Rogaland til Vikna i Nord-Trøndelag.

Økningen i bruken av legemidler for å bekjempe lakselus i oppdrettsnæringen er alvorlig.