Vassdragsregulering har betydelig påvirkning i mange laksevassdrag, men det er lav sannsynlighet for at skadeomfanget vil øke i årene framover. I tillegg er det mulig å gjennomføre flere tiltak for å redusere effekten.
Kraftverk med utløp til elv må driftes slik at ikke unormale vannstandsendringer gir dødelige og negativ effekter på laksefisk.
Stjørdalsvassdragets Elveeierlag, Miljøpartiet De Grønne og Vannregionutvalg Trøndelag sier nei til utfylling av det gamle elveleiet i Stjørdalselva.
Utbygging av havna i Orkdal er i strid med verneregimet for nasjonale laksevassdrag. Det fastslår Klima- og miljødirektoratet (KLD) i sitt svar til Norske Lakseelver.
Politiet og Statens naturoppsyn utfører kontroller og har oppsynsfunksjon i Trondheimsfjorden. Fredning av fiskearter som sjøørret og laks har fokus sammen med ulovlig garnfiske. Spesielt rettes fokus nå mot sjøørreten som er fredet både i elva og i fjordens fredningssone.
Norske Lakseelvers landsmøte, som ble avholdt 23/5 2016, krever at beskyttelsesregimet som ligger i nasjonale laksevassdrag og nasjonale laksefjorder må håndheves slik det foreligger i dag og ytterligere forsterkes når regimet skal evalueres i 2017.
Oppdrettsgigantene miljøsertifiserer sine anlegg etter en standard som både tillater rømming og ubegrenset bruk av lusemiddelet hydrogenperoksid. Naturvernforbundet reagerer kraftig.
Elvene rundt Trondheimsfjorden og Norske Lakseelver frykter for effekten på villaks hvis det blir utbyggingen av ny regionhavn ved utløpet av Orkla. Bekymringen deles av flere ordførere som var samlet til seminar hos Norsk institutt for naturforvaltning (NINA).