Det overordna ansvaret for villaksforvaltninga er lagt til Klima- og miljødepartementet. Departementet skal sørgje for at regjeringa sin politikk blir sett ut i livet. Dei viktigaste verktøya for å oppnå dette er budsjett, lovverk og langtidsplanlegging.
Miljødirektoratet er det sentrale, utøvende og rådgivende organet i forvaltningen av laks, sjøørret og sjørøye (anadrom laksefisk). Målet er å bevare og gjenoppbygge bestandene, slik at mangfoldet innen artene sikres og manutnytte overskuddet.
Rømt oppdrettslaks påvirker ville bestander av laks. En del av den rømte laksen vandrer opp i vassdragene og gyter med villaksen. Når rømt oppdrettslaks gyter med villaks, vil den ville laksebestanden kunne endres genetisk, noe som kan føre til lavere produksjon av laks i vassdraget.
Norske Lakseelver har bedt myndighetene gi Standard Norge i oppgave å sammenkalle kvalifiserte ressurspersoner for å vurdere eksisterende krav til miljøundersøkelser i NS9415 på nytt.
I flere år har det pågått et prosjekt hvor BJFF sammen med Veterinærinstituttet har samlet og lagret genmateriale av laksen fra vassdraget. Artikkel og bilde er fra 2013.
Den viktigste etappen i laksens liv er smoltifiseringen, når lakseyngelen blir klar for utvandring fra Kongsfjordelva og i sjøen.
Det høstes mye laks i Kongsfjordelva. Vi har satt sammen historikken og vitenskapelige data en mannsalder tilbake.