Gjennom årene har det blitt gjennomført systematisert overvåkningsfiske i Altaelva. Dette er en del av arbeidet for å skaffe informasjon om innslag av rømt oppdrettslaks i elva.
Fisketelleren i Boenfossen gir verdifull informasjon for forvaltningen av elva. På det meste vandret det 130 laks gjennom fisketrappa på en enkelt dag i 2016 - det var den
Politiet og Statens naturoppsyn utfører kontroller og har oppsynsfunksjon i Trondheimsfjorden. Fredning av fiskearter som sjøørret og laks har fokus sammen med ulovlig garnfiske. Spesielt rettes fokus nå mot sjøørreten som er fredet både i elva og i fjordens fredningssone.
Norske Lakseelvers landsmøte, som ble avholdt 23/5 2016, krever at beskyttelsesregimet som ligger i nasjonale laksevassdrag og nasjonale laksefjorder må håndheves slik det foreligger i dag og ytterligere forsterkes når regimet skal evalueres i 2017.
Oppdrettsgigantene miljøsertifiserer sine anlegg etter en standard som både tillater rømming og ubegrenset bruk av lusemiddelet hydrogenperoksid. Naturvernforbundet reagerer kraftig.