Samfunnet har brukt store ressurser på å redde elver fra Gyrodactylus salaris og sur nedbør. Det legger noen føringer på forvaltningen av fisket i elven.
Politiet og Statens naturoppsyn utfører kontroller og har oppsynsfunksjon i Trondheimsfjorden. Fredning av fiskearter som sjøørret og laks har fokus sammen med ulovlig garnfiske. Spesielt rettes fokus nå mot sjøørreten som er fredet både i elva og i fjordens fredningssone.
Nyere undersøkelser viser at stammen av Kongsfjordlaks har innblanding fra oppdrettslaks.
Alta kommunes formannskap har bedt administrasjonen om vurdering av muligheten for å justere grensen for nasjonal laksefjord for å gjøre det mulig å plassere et lakseslakteri på Langnes. Nasjonale laksefjorder er vedtatt av Stortinget og kan ikke endres av kommunen.
Etneelva blir regnet som en av de beste lakseelvene på Vestlandet. På grunn av svært negativ bestandsutvikling, har elveeierlagt valgt å stenge elva i fire av de siste seks årene. For 2016 åpnes det nå for forsiktig fiske med klare fangstbegrensninger.
Forskerne har fått ny kunnskap om sjøvandring hos laks som et resultat av ny merketeknologi. Det har gitt viktig informasjon for forvaltningen.