Rømt oppdrettslaks påvirker ville bestander av laks. En del av den rømte laksen vandrer opp i vassdragene og gyter med villaksen. Når rømt oppdrettslaks gyter med villaks, vil den ville laksebestanden kunne endres genetisk, noe som kan føre til lavere produksjon av laks i vassdraget.
Lakselus er en parasitt som finnes naturlig i sjøen, men det har blitt unaturlig høye konsentrasjoner i mange av våre fjord- og kystområder på grunn av oppdrett av laks og regnbueørret. Situasjonen er så alvorlig en del steder at det er fare for at lakselus kan sterkt redusere og i verste fall utrydde bestander av vill laksefisk.
Fysiske inngrep i vassdrag spenner fra store vannkraftutbygginger til mindre inngrep, som å ta ut masse eller fjerne kantvegetasjon. Noen fysiske inngrep lar seg enkelt reparere, andre krever planlegging og gjennomføring av fagpersoner med spesialkompetanse. Uansett formål vil fysiske inngrep alltid påvirke livet i vassdraget.
Anadrom laksefisk stiller strenge krav til vannkvaliteten og er følsom overfor forurensinger. Både i vassdrag og sjø kan forurensende utslipp være skadelig for anadrom laksefisk, men fisken tar mest skade hvis den påvirkes i vassdragene.
Norske Lakseelver jobber aktivt for at politikerne stiller så strenge miljøkrav til oppdrettsindustrien at lukket teknologi blir det naturlige valget. Rømt fisk og lus må stanses. Lukkede oppdrettsanlegg ville fjernet problemet med lakselus og annen smitte mellom villfisk og oppdrettsfisk .