Den lokale forvaltningen har som oppgave å forvalte eleven etter beskatningsråd som er gitt av Vitenskapelig Råd for Lakseforvaltning. Forvaltningsrådet for den enkelte elv finnes på elvas nettside.
Fisket etter laks skal tilpasses hver enkelt bestand. Gytebestandsmålet forteller oss når det er nok gytelaks i elva, og når vi kan fiske av et høstbart overskudd. Første generasjon gytebestandsmål er utarbeidet for 439 norske laksevassdrag.
Politiet og Statens naturoppsyn utfører kontroller og har oppsynsfunksjon i Trondheimsfjorden. Fredning av fiskearter som sjøørret og laks har fokus sammen med ulovlig garnfiske. Spesielt rettes fokus nå mot sjøørreten som er fredet både i elva og i fjordens fredningssone.
Forsuring av vann er et av de største miljøproblemene i Norge, og en faktor som har ført til stor reduksjon i biologisk mangfold i innsjøer og elver.