Substrat som ikke er naturtypisk for en elvestrekning kan føre til vesentlige endringer i biologisk mangfold og produksjon. Skyldes ofte utslipp av finsediment, f.eks. fra sandtak og anleggsvirksomhet m.m.
Utlegging av sediment brukes for å kompensere for kunstig redusert sedimenttransport som kan forårsakes av demninger og erosjonssikring.
Harving, ripping og spyling av substratet utføres for å fjerne finsedimenter og løse opp bunnsubstrat, slik at mengden skjul og hulromsvolum for fisk og bunndyr øker.
Brukes på strekninger der det er mangel på skjul og morfologisk variasjon eller der stein har blitt fjernet.
En fin samling videoer om forskjellige tiltak i ørretbekker. Lagd av danskene i DTU Aqua.
Kulverter, stikkrenner og bruer kan i enkelte tilfeller skape vandringshinder for fisk.
Hvert år samler NINA (Norsk Institutt for Naturforskning) inn og analyserer et stort antall skjellprøver fra sportsfisket. Skjellanalysene er en viktig kilde til kunnskap om de norske laks- og sjøørretbestandene.
En rekke viktige fiskehabitater ligger ikke i elvens hovedseng, men langs bredden og i elvesletten. En forbindelse mellom hovedløp-sideløp- elveslette er nødvendig for at fisken skal få tilgang til habitatene.