I fjor høst sto et nytt kalkingsanlegg i Audna klart, og så langt ser det ut til å fungere bra. Dette anlegget vil sørge for god vannkvalitet på hele den øverste delen av lakseførende strekning.
Fisketelleren i Boenfossen gir verdifull informasjon for forvaltningen av elva. På det meste vandret det 130 laks gjennom fisketrappa på en enkelt dag i 2016 - det var den
Politiet og Statens naturoppsyn utfører kontroller og har oppsynsfunksjon i Trondheimsfjorden. Fredning av fiskearter som sjøørret og laks har fokus sammen med ulovlig garnfiske. Spesielt rettes fokus nå mot sjøørreten som er fredet både i elva og i fjordens fredningssone.
Forsuring av vann og vassdrag er et av de alvorligste miljøproblemer i Norge og den enkeltfaktoren som har ført til størst reduksjon av biologisk mangfold i norske vann og elver. Hovedårsaken til forsuringen er langtransportert sur nedbør (svovel og nitrogen).
Den viktigste etappen i laksens liv er smoltifiseringen, når lakseyngelen blir klar for utvandring fra Kongsfjordelva og i sjøen.