Fisket etter laks skal tilpasses hver enkelt bestand. Gytebestandsmålet forteller oss når det er nok gytelaks i elva, og når vi kan fiske av et høstbart overskudd. Første generasjon gytebestandsmål er utarbeidet for 439 norske laksevassdrag.
Politiet og Statens naturoppsyn utfører kontroller og har oppsynsfunksjon i Trondheimsfjorden. Fredning av fiskearter som sjøørret og laks har fokus sammen med ulovlig garnfiske. Spesielt rettes fokus nå mot sjøørreten som er fredet både i elva og i fjordens fredningssone.
Forsuring av vann og vassdrag er et av de alvorligste miljøproblemer i Norge og den enkeltfaktoren som har ført til størst reduksjon av biologisk mangfold i norske vann og elver. Hovedårsaken til forsuringen er langtransportert sur nedbør (svovel og nitrogen).
Den viktigste etappen i laksens liv er smoltifiseringen, når lakseyngelen blir klar for utvandring fra Kongsfjordelva og i sjøen.
Flere undersøkelser i Kongsfjordelva er gjort på kartlegging av gytebestanden og adferd. Alltid like imponerende er de store hannlaksene som har en travel tid like før gytingen.