Kommunane er ein del av den offentlege fiskeforvaltninga, og har i dag ansvaret for ei rekke oppgåver som er heimla i lakse- og innlandsfiskelova.
Fylkesmannen er gitt ein rekke forvaltningsoppgåver som er heimla i lakse- og innlandsfiskelova, og er eit viktig regionalt bindeledd mellom den sentrale villaksforvaltninga og lokale elveeigarar, fiskarar og organisasjonar. De fleste fylkesmenn har egne fiskeforvaltere.
Det overordna ansvaret for villaksforvaltninga er lagt til Klima- og miljødepartementet. Departementet skal sørgje for at regjeringa sin politikk blir sett ut i livet. Dei viktigaste verktøya for å oppnå dette er budsjett, lovverk og langtidsplanlegging.
Miljødirektoratet er det sentrale, utøvende og rådgivende organet i forvaltningen av laks, sjøørret og sjørøye (anadrom laksefisk). Målet er å bevare og gjenoppbygge bestandene, slik at mangfoldet innen artene sikres og manutnytte overskuddet.
Fysiske inngrep i vassdrag spenner fra store vannkraftutbygginger til mindre inngrep, som å ta ut masse eller fjerne kantvegetasjon. Noen fysiske inngrep lar seg enkelt reparere, andre krever planlegging og gjennomføring av fagpersoner med spesialkompetanse. Uansett formål vil fysiske inngrep alltid påvirke livet i vassdraget.
Forsuring av vann er et av de største miljøproblemene i Norge, og en faktor som har ført til stor reduksjon i biologisk mangfold i innsjøer og elver.
Fram mot 2020 skal vannkraftskonsesjonene i 31 av medlemselvene i Norske Lakseelver revideres . Nå fremmes krav om at vilkårsrevisjonene må sikre miljøforbedringer i disse vassdragene.
I 1997 satte regjeringen ned et utvalg som etterhvert ble hetende Villaksutvalget. Utvalget skulle lete etter årsaker til nedgangen i de norske villaksbestandene, og fremme forslag til strategier og tiltak for å bedre situasjonen. To år senere kom utvalgets rapport, hvor det ble slått fast at historiske erfaringer viser at «villaksen har tapt mot andre samfunnsinteresser, gang etter gang».