Substrat som ikke er naturtypisk for en elvestrekning kan føre til vesentlige endringer i biologisk mangfold og produksjon. Skyldes ofte utslipp av finsediment, f.eks. fra sandtak og anleggsvirksomhet m.m.
Utlegging av sediment brukes for å kompensere for kunstig redusert sedimenttransport som kan forårsakes av demninger og erosjonssikring.
Harving, ripping og spyling av substratet utføres for å fjerne finsedimenter og løse opp bunnsubstrat, slik at mengden skjul og hulromsvolum for fisk og bunndyr øker.
Brukes på strekninger der det er mangel på skjul og morfologisk variasjon eller der stein har blitt fjernet.
Utlegg av gytegrus er et vanlig tiltak i mange elver. Ny forskning viser at egnede gyteområder bør ha ca 20% grus. Over dette flater effekten ut, og blir andelen over 40% synker produksjonverdien av området.
Det er nå oppdaget en ny sykdom som har rammet villaksen i enkelte vassdrag. I den forbindelse strammes kravene om desinfisering av fiskeutstyr inn.
Før, under og etter sesongen kreves det en del vedlikehold langs elva. Alta Laksefiskeri Interessentskap (ALI) minner på at alle som ferdes langs elva har et ansvar for å rydde opp etter seg.