Dei viktigaste verkemidla for vern og utvikling og verkemidla mot dei mest sentrale påverknadene av bestandane av vill anadrom fisk er tillagt tre departement: Klima- og miljødepartementet, Nærings- og fiskeridepartementet og Olje- og energidepartementet.

Politiet og Statens naturoppsyn utfører kontroller og har oppsynsfunksjon i Trondheimsfjorden. Fredning av fiskearter som sjøørret og laks har fokus sammen med ulovlig garnfiske. Spesielt rettes fokus nå mot sjøørreten som er fredet både i elva og i fjordens fredningssone.