Samfunnet har brukt store ressurser på å redde elver fra Gyrodactylus salaris og sur nedbør. Det legger noen føringer på forvaltningen av fisket i elven.
Politiet og Statens naturoppsyn utfører kontroller og har oppsynsfunksjon i Trondheimsfjorden. Fredning av fiskearter som sjøørret og laks har fokus sammen med ulovlig garnfiske. Spesielt rettes fokus nå mot sjøørreten som er fredet både i elva og i fjordens fredningssone.
Etneelva blir regnet som en av de beste lakseelvene på Vestlandet. På grunn av svært negativ bestandsutvikling, har elveeierlagt valgt å stenge elva i fire av de siste seks årene. For 2016 åpnes det nå for forsiktig fiske med klare fangstbegrensninger.
Forsuring av vann og vassdrag er et av de alvorligste miljøproblemer i Norge og den enkeltfaktoren som har ført til størst reduksjon av biologisk mangfold i norske vann og elver. Hovedårsaken til forsuringen er langtransportert sur nedbør (svovel og nitrogen).