Det overordna ansvaret for villaksforvaltninga er lagt til Klima- og miljødepartementet. Departementet skal sørgje for at regjeringa sin politikk blir sett ut i livet. Dei viktigaste verktøya for å oppnå dette er budsjett, lovverk og langtidsplanlegging.
Miljødirektoratet er det sentrale, utøvende og rådgivende organet i forvaltningen av laks, sjøørret og sjørøye (anadrom laksefisk). Målet er å bevare og gjenoppbygge bestandene, slik at mangfoldet innen artene sikres og manutnytte overskuddet.
Lakselus er en parasitt som finnes naturlig i sjøen, men det har blitt unaturlig høye konsentrasjoner i mange av våre fjord- og kystområder på grunn av oppdrett av laks og regnbueørret. Situasjonen er så alvorlig en del steder at det er fare for at lakselus kan sterkt redusere og i verste fall utrydde bestander av vill laksefisk.
Fysiske inngrep i vassdrag spenner fra store vannkraftutbygginger til mindre inngrep, som å ta ut masse eller fjerne kantvegetasjon. Noen fysiske inngrep lar seg enkelt reparere, andre krever planlegging og gjennomføring av fagpersoner med spesialkompetanse. Uansett formål vil fysiske inngrep alltid påvirke livet i vassdraget.