Fylkesmannen er gitt ein rekke forvaltningsoppgåver som er heimla i lakse- og innlandsfiskelova, og er eit viktig regionalt bindeledd mellom den sentrale villaksforvaltninga og lokale elveeigarar, fiskarar og organisasjonar. De fleste fylkesmenn har egne fiskeforvaltere.
Det overordna ansvaret for villaksforvaltninga er lagt til Klima- og miljødepartementet. Departementet skal sørgje for at regjeringa sin politikk blir sett ut i livet. Dei viktigaste verktøya for å oppnå dette er budsjett, lovverk og langtidsplanlegging.
Miljødirektoratet er det sentrale, utøvende og rådgivende organet i forvaltningen av laks, sjøørret og sjørøye (anadrom laksefisk). Målet er å bevare og gjenoppbygge bestandene, slik at mangfoldet innen artene sikres og manutnytte overskuddet.
Norske Lakseelver jobber aktivt for at politikerne stiller så strenge miljøkrav til oppdrettsindustrien at lukket teknologi blir det naturlige valget. Rømt fisk og lus må stanses. Lukkede oppdrettsanlegg ville fjernet problemet med lakselus og annen smitte mellom villfisk og oppdrettsfisk .
Den viktigste etappen i laksens liv er smoltifiseringen, når lakseyngelen blir klar for utvandring fra Kongsfjordelva og i sjøen.