Anadrom laksefisk stiller strenge krav til vannkvaliteten og er følsom overfor forurensinger. Både i vassdrag og sjø kan forurensende utslipp være skadelig for anadrom laksefisk, men fisken tar mest skade hvis den påvirkes i vassdragene.
Forsuring av vann er et av de største miljøproblemene i Norge, og en faktor som har ført til stor reduksjon i biologisk mangfold i innsjøer og elver.
En femtedel av fisken som ble fanget i norske lakseelver i 2014 ble satt levende tilbake.
Norske Lakseelver har bedt myndighetene gi Standard Norge i oppgave å sammenkalle kvalifiserte ressurspersoner for å vurdere eksisterende krav til miljøundersøkelser i NS9415 på nytt.
I 1997 satte regjeringen ned et utvalg som etterhvert ble hetende Villaksutvalget. Utvalget skulle lete etter årsaker til nedgangen i de norske villaksbestandene, og fremme forslag til strategier og tiltak for å bedre situasjonen. To år senere kom utvalgets rapport, hvor det ble slått fast at historiske erfaringer viser at «villaksen har tapt mot andre samfunnsinteresser, gang etter gang».
Norske Lakseelver jobber aktivt for at politikerne stiller så strenge miljøkrav til oppdrettsindustrien at lukket teknologi blir det naturlige valget. Rømt fisk og lus må stanses. Lukkede oppdrettsanlegg ville fjernet problemet med lakselus og annen smitte mellom villfisk og oppdrettsfisk .
Fangst av laks i Kongsfjordelva fra 2005 til 2012 har variert. Her er den komplette statistikken.
Den viktigste etappen i laksens liv er smoltifiseringen, når lakseyngelen blir klar for utvandring fra Kongsfjordelva og i sjøen.