Politiet og Statens naturoppsyn utfører kontroller og har oppsynsfunksjon i Trondheimsfjorden. Fredning av fiskearter som sjøørret og laks har fokus sammen med ulovlig garnfiske. Spesielt rettes fokus nå mot sjøørreten som er fredet både i elva og i fjordens fredningssone.
Norske Lakseelvers landsmøte, som ble avholdt 23/5 2016, krever at beskyttelsesregimet som ligger i nasjonale laksevassdrag og nasjonale laksefjorder må håndheves slik det foreligger i dag og ytterligere forsterkes når regimet skal evalueres i 2017.
Nyere undersøkelser viser at stammen av Kongsfjordlaks har innblanding fra oppdrettslaks.
Oppdrettsgigantene miljøsertifiserer sine anlegg etter en standard som både tillater rømming og ubegrenset bruk av lusemiddelet hydrogenperoksid. Naturvernforbundet reagerer kraftig.
Elvene rundt Trondheimsfjorden og Norske Lakseelver frykter for effekten på villaks hvis det blir utbyggingen av ny regionhavn ved utløpet av Orkla. Bekymringen deles av flere ordførere som var samlet til seminar hos Norsk institutt for naturforvaltning (NINA).
Forskerne har fått ny kunnskap om sjøvandring hos laks som et resultat av ny merketeknologi. Det har gitt viktig informasjon for forvaltningen.