Politiet og Statens naturoppsyn utfører kontroller og har oppsynsfunksjon i Trondheimsfjorden. Fredning av fiskearter som sjøørret og laks har fokus sammen med ulovlig garnfiske. Spesielt rettes fokus nå mot sjøørreten som er fredet både i elva og i fjordens fredningssone.
Forsuring av vann og vassdrag er et av de alvorligste miljøproblemer i Norge og den enkeltfaktoren som har ført til størst reduksjon av biologisk mangfold i norske vann og elver. Hovedårsaken til forsuringen er langtransportert sur nedbør (svovel og nitrogen).
Fra gammelt av har Kragerøvassdraget vært en betydelig lakseelv. Vassdraget har 69 km tilgjengelig elvestrekning. Rundt år 1900 ble all lakseoppgang stoppet gjennom flomsikre demninger. Grunneierlaget arbeider for å få gjeninnført en reproduserende laksestamme i Kragerøvassdraget.
Den viktigste etappen i laksens liv er smoltifiseringen, når lakseyngelen blir klar for utvandring fra Kongsfjordelva og i sjøen.